上世纪三十年代，日寇侵华，魔爪伸入闽中，当时的中共莆田中心县委书记苏华即以圆智庵为据点，宣传抗日，发动群众，在莆田掀起轰轰烈烈的抗日救亡运动。此后，圆智庵成了革命老区领导人苏华、黄国璋、张伯庭、林汝楠、林汝梁、张坤、康金树、陈国良、张金树、郑福龙、郑兆銮、林文帝等进行活动的重要据点，他们在圆智庵释修池法师的巧妙掩护下，长期开展地下斗争。1944年2月29日，中共闽中特委奉命筹集资金，以帮助省委解决经费困难，他们就在圆智庵秘密召开会议，由特委书记黄国璋选定15名精干的游击队员，其中有莘郊村的热血青年朱天柱、郑张凤、张福林、黄清荣等人。经过精心组织，奇袭了涵江交通银行，缴获现钞四万余元、黄金二十多两，震动了整个莆田，得到了中共福建省委的表彰。
圆智庵周边荔枝成林，殿后紧挨着小溪，水路交通便捷。为了安全便利开展地下斗争，修池法师在后院墙体不同位置打通三个小门，便于地下人员在紧急情况下迅速撤离。修池法师还动员乡村进步人士捐赠咸菜、豆皮、食盐等食品物资，集中在后殿厨房内，然后挑选数名强壮青年妇女，从大殿后面搬运上船运往企溪、唐仔头，在延寿码头上岸，以进山做生意名义，沿西天尾石盘、澳柄岭山路，挑至大洋革命根据地，交给游击队，解决他们生活补给问题。 1968年“破四旧”中，莘郊村民陈文林、陈炳宗在圆智庵东侧屋檐下发现了一支生锈的手枪和数个驳壳枪盒，更是圆智庵作为老区革命根据地的实物依据。解放后，曾一度改为蔬菜市场、企业厂房。
自明、清、民国至解放初，五六百年来，城涵百姓、四方商旅、军民人等出入府城，皆由此路经过，成为通衢大道，行人络绎不绝。由于圆智庵、猿臂亭，地理位置优越，周围环境清幽，更是休憩、避雨和拜谒、进香的圣地，游客如织，香烟缭绕。
寓居雅加达的华侨领袖、享有崇高国际威望的印尼兴安会馆主席关文龙先生，祖籍莆田江口。其父早年曾从圆顶沿城涵驿道进城办事，路过三亭圆智庵驻足歇息时，焚香瞻拜并诚心许愿：日后若得家业昌盛，子孙发达，定当厚谢观音佛祖，为重修寺宇添砖加瓦。关文龙将父亲心愿牢牢记住。本世纪初，国家领导人访问印尼，接见华侨首领时，关文龙和兴安会馆常务副主席卓天贵先生询及大陆宗教发展情况，知悉祖国奉行民间信仰自由政策，欢迎海外华人回国振兴宗教文化和公益事业。二人欣喜万分，随即委托当时正在印尼举行道场佛事活动的莆籍法师释贤灿、释妙涵等，携资返乡重建圆智庵，以偿关父生前之夙愿。
贤灿、妙涵师徒俩归国后，立即着手操办建寺事宜。2OO5年，穿越莘郊村的福厦公路新线建成，在圆智庵的东边与古驿道相交，称荔园大道，使三亭寺的水陆交通更加便利。承蒙莘郊村、拱辰街道及有关部门大力支持，莆田市园林古建筑设计研究开发中心设计方案、绘制图纸，于2006年4月动工重建天王殿、钟鼓楼、拜亭、大雄宝殿、万佛殿，以及僧舍、客房等，坐北朝南，占地6亩；主殿为二层混合结构，上层宽3间，深4间，底层高4.1米，建筑面积386平方米；大雄宝殿高6米以上，大雄宝殿彩殿翘角，高大宏伟，殿前两对青石透雕龙柱，刻工精细，活灵活现，栩栩如生，分别为关文龙、卓天贵两人敬献，格外引人注目；既保持古建筑风格，又具有现代韵味。前廊之檐桁由关文龙之姑母、九旬老人关大厝题赠，印尼广化寺的善男信女纷纷捐资助建，莘郊弟子及周边信众争先恐后慷慨解囊，认捐石柱、杉料等；工匠同心协力，共促古刹重光；展群配套完竣，建筑艺术精湛，令人叹为观止。原省委书记陈光毅、原莆田市市长吴建华、以及全国文物学会副会长、省文物局局长郑国珍等省市领导和国内专家先后视察圆智庵，对圆智庵的建设和发展提出指导性的意见。
经过几年建设，一俟整体工程完竣，圆智庵将以崭新寺貌巍然屹立在荔园大道西侧，成为荔城区旅游景观的一道亮丽的风景线，招引海内外广大游客、信士前来观光、瞻仰、晋谒、朝拜，让千年古寺重新异彩焕发，佛光普照!
圆智庵内现存有经文物专家鉴定的唐代一对石狮、明代“聚星门”雕花柱础、石柱，以及清乾隆皇帝御笔手书的孝子坊题匾和纪晓岚撰写的柱联等。圆智庵的悠久历史和现存的珍贵文物，吸引了众多学者前来考察。
圆智庵年近九旬的贤灿法师是莆田南少林武术第九代正宗传人，曾在《南少林寺》电视连续剧中饰演方丈，他的徒弟们在2014年6月举办的第六届海峡两岸传统武术大赛中，分别获得2枚金牌和2枚银牌，轰动了武坛，圆智庵成为传承和弘扬南少林武术文化的主要寺院。贤灿、妙涵法师善心善行，无私运用祖传十代秘方，免费为成千上万患者解除病痛，赢得了社会的广泛赞誉，使圆智庵成为我省首家佛教康复服务中心。十多年来，圆智庵还十分重视对外交流和联谊活动，驰誉佛教界，名扬东南亚，该庵已成为我市佛教界对外交流的重要平台。
5月中旬，全国政协常委、中国佛教协会会长学诚大和尚回家乡参加莆田凤山寺、南少林寺等佛像开光仪式期间，特地向该庵住持释妙涵询问了该庵的发展情况，并为正在举行佛像开光的三亭圆智庵赠字一幅“佛教与圆智庵文化”， 希望庵内师徒们做好庵内的事，弘扬佛教文化，多做公益事业，为老百姓服务。 （李福生）