随着向莆铁路的高效运营，莆田港也成为连接江西、我国中部省份及内陆腹地最为便捷的铁海联运进出口岸通道，2014年口岸外贸吞吐量近1200万吨同比增长46%。为全力支持莆田海铁联运跨越发展，推动闽赣等省份更好融入“一带一路”发展战略，莆田海事局与各口岸单位齐心协力，多措并举，不断优化口岸通关环境。
该局强化一站式、一条龙和个性化服务，工作更加靠前，服务更加到位，通关更加顺畅。逐步取消国际航行船舶驶离国内港口前船上污染物清理规定、船舶供受油作业布设围油栏规定和内贸运输煤炭物理性质监测规定等涉企收费项目。2015年1月1日起免征500总吨以下海船船舶港务费。
为进一步提高口岸通关效率,该局大力推行网上申报服务、电子签证服务、船载危险品货物电子远程申报；对两岸直航船舶提供无偿服务性安检；一般情况下不对国际航行船舶进出口岸实行登轮查验；对在口岸停泊时间不足24小时的，原则上一次性办理进出口岸手续；对班轮和部分定点船舶原则上在一次查验后不再重复检查；开辟煤炭、铁矿石、成品油、木材等货轮进出港“绿色通道”，确保货轮进出港装卸“零待时”。
根据辖区航运发展的要求，积极争取项目和资金支持，加快莆田VTS中心、CCTV、VHF等现代化设施的建设，改进海事监管技术手段，维护海上交通秩序。逐步扩大海上巡航范围，提高现场实时监管的效率和水上监管能力，保障海上贸易通道的安全。对外国籍货轮特别是LNG、木材、煤炭等大型船舶优先保障，实施护航警戒、进出港全方位动态安保管控。对被评上安全诚信船舶免于安检，按照国家规定给予部分货物减免港口建设费。推行船舶进出港许可业务代理诚信管理，建立船舶污染物接收单位和船载危险品申报单位诚信分级管理机制，提升港口综合服务水平，吸引中外大型航运企业进驻。
同时,协同海关、国检部门对装运危险货物的集装箱实行“一次开箱、分别依法查验”，开设快速通关查验渠道，对运输大宗进出口货物的船舶，优先办理通关手续。加强与兄弟海事部门的沟通协作，对在本地开箱查验过的危险品货物集装箱原则上不再进行开箱检查。(时报记者 林锦堂 通讯员 赵海滨)