其时，逆阉魏忠贤之党羽崔呈秀，此人擢万历四十一年（1613）进士，天启初（1621）官御史，巡抚淮扬，见东林势盛，欲入其党被拒。后以贪污为左都御史高攀龙（字存之）揭发，革职发配充军。呈秀乃投靠魏忠贤，为其养子，得复职，从此与魏珰内外相结，“翻梃击”、“红丸”、“移宫”三案，又屡兴大狱，打击东林党人，时称“五虎”之首（崔呈秀、田吉、吴淳夫、李夔龙、倪文焕），朝士多附之。呈秀以与兆元同籍同年相慕，意欲叙旧，兆元绝不与通。
天启七年（1627）八月二十二日下午申时，统治天下七年，将大明元气戕毁殆尽的熹宗朱由校驾崩，其弟信王朱由检在一片暮色中踏进紫禁城登上皇位。崇祯初年（1628），新天子赐宴天下，入见郡守廉异者四人，兆元居第一，迁江西参政，备兵湖西。崇祯二年（1629）十月，兆元賫捧进京入贺，行至山东，都城告警。兆元叹曰：“吾等数千里贺天子万寿，愧不能纾君父急，奈何奉头鼠窜乎？”叱驭益疾。当时清帝皇太极亲率后金十数万精兵，分道由龙井关、大安口入犯，连下遵化等名城，山海关总兵赵率教回师救援，全军覆没。正在宁远的兵部尚书兼右副都御史袁崇焕，闻警兼程回救，屯兵通州，但金兵却绕开袁崇焕，直扑北京，是以都城告警。十一月底，东便门之战，袁崇焕大破金兵。十二月中旬，武经略桂满战死，思宗中了皇太极之离间计，袁崇焕被撤职并拘捕入狱，以孙承宗接替兵部尚书之职，率各镇援兵力战克敌，解了京师之围。俄平，朝廷诏趣诸贺者进，兆元首入，朝野咸啧啧嘉叹！
崇祯三年（1630），兆元陞江西按察使，备兵南贑，南贑恒患盗，兆元视贼势最急当之，贼惮不敢犯，十六县皆得安堵。进广东右布政使。未几，兆元改任广西右布政使兼视鹺政。西粤不产盐，当得东粤协济，岁输协济银八万代以盐，及运至省，舵工例得货余盐自利，而实侵官盐正运，逋负逮系不得释。兆元曰：“法当清其源，空因此辈何益？”乃饬以先公后私，公入立增，而系者益寡。
崇祯八年（1635），兆元迁云南左布政使，廷议增云南饷额十二万，兆元竭心力呕划，滇以免困。旧例每岁辨贡黄金二千两，久蠲复征，兆元乃取缺军廪以代，且请暂征一年，后仍停免，民德之，立生祠奉祀。崇祯十二年（1639），兆元进京入觐，陞右副都御史，巡抚云南。崇祯十三年（1640）正月，思宗召见平台，赐银币及御前果品，思宗曰：“朕以酬万里劳臣也！”兆元因陈抚驭机宜，思宗奖劳有加。兆元归云南，任上益务宽简，驾驭土司，捐其细过，咸遵约束。其奏增解额三名，又奏立里井儒学，上嘉纳。
崇祯十七年（1644）三月十九日丁未，李自成陷京师，思宗自缢于煤山，大学士兼工部尚书范景文曰：“身为大臣，不能从疆场少树功伐，虽死奚益？”亦赴龙泉巷古井死。户部尚书兼侍读学士倪元璐闻难，曰：“国家至此，臣死有余责。”乃衣冠向阙，北谢天子，投环缢死。左都御史李邦华闻难，乃题阁门曰：“堂堂丈夫，圣贤为徒，忠孝大节，矢死靡他。”乃走文丞相祠再拜，自经祠中。左副都御史施邦曜闻变恸哭，题词于几曰：“愧无半策匡时难，但有微躯报主恩。”遂自缢，仆解之复苏，邦曜叱曰：“若知大义，毋久留我死。”乃更饮药而卒。大理寺卿凌义渠闻难，以首触柱，系帛奋身绝吭而死。邑人协理京营兵部右侍郎王家彦，贼犯都城，奉命守德胜门。城陷，家彦自投城下不死，折臂足，其仆掖入民舍，自缢死。贼燔民宅，焚其一臂，仆收其遗骸归。
兆元闻变恸哭，亟悉索军实，遣将统兵至金陵，佐复仇，时督抚以师至独滇南耳！及闽中道阻，兆元痛故社已屋，谊与国俱存亡，遂辗转云南，矢躬尽瘁。
绍宗立，沙定洲据会城，劫为题请代沐天波，不可。（按：沐天波为凤阳府定远人，沐朝弼玄孙，崇祯间袭封黔国公，镇云南，土司沙定洲为乱，奔永昌，乱定，归。）拘别室，夺其印，而托名兆元上疏。时干戈路阻，上不知情伪，命张应星下诏赐兆元尚方剑便宜行事，疏辞。（按：张应星，沛县人，岁贡，工剑术，以军功迁兵部郎中。）绍宗复谕加意料理，曰：“卿久抚滇疆，弘宣猷绩，正资善后，毋贻朕南顾忧。扫除天波有成命，不许辞。务令南人不反，以就一统丰功。”
永历元年（1647），桂王（永明王）朱由榔入滇，以杨畏知巡抚云南，晋陞兆元为总督。明末农民起义军将领张献忠的义子孙可望（一作可旺），为陕西米脂人，此人英勇善战，号“一堵墙”，引兵南下，由黔入滇。可望因诛沙定洲余党二百余人。可望肋受职，兆元自经，可望令人救之，迁于中卫，简囊箧，叹其清节，犹加优礼。可望旋受南明永历帝秦王之封，迎永历帝居安隆所，其拥兵自重，擅作威福，杀大臣多人。
未几，兆元疾极，卧床不起，惟问太夫人健否？临终戒勿受奠，无一语及私云。兆元卒，年七十四，葬墓在洋西粉石碑。黄海《续莆阳比事》卷七“古滇发终”条载：“吴兆元巡抚云南，甲申闯变后，伤心故主，辗转古滇，矢躬尽瘁，两鬓斑斑，卒于其地，子应禧扶丧归，滇父老哭数百里送之。”吴氏一门荣荫三代诰命：吴宴，以孙兆元贵，赠布政使；宴传子中兴，以子兆元贵，赠布政使。（见《兴化府莆田县志》卷十四·封赠）
常言道：“伏清白以死直兮，固前圣之所厚。”兆元居官“富贵不淫贫贱乐，男儿到此是豪雄。”其生平事迹可见《兴化府莆田县志》卷十四、卷十七、卷三十五、《福建通志》卷四十八、《续莆阳比事》卷六、卷七、《南明史》卷六十三、《福建兴化文献》·兴化人物志、《莆田吴祭世系宗谱》、《民国莆田县志》卷二十六、卷三十四。 （续完）（黄祖绪）